1 сентября 2004 года вместе со своим подразделением прибыл в город Беслан, в котором террористы захватили сотни детей и взрослых в здании школы № 1. Когда на третий день в школе произошли взрывы, вызвавшие пожар и обрушение стен, группа полковника Вячеслава Бочарова была брошена на штурм здания. Бочаров ворвался первым и лично уничтожил несколько террористов. Получил ранение, но остался в бою, продолжая эвакуировать детей и взрослых. Получил второе тяжелейшее ранение, был вынесен из школы без сознания.
Первое время Вячеслав Александрович числился пропавшим без вести, а в ряде публикаций был назван в списке погибших. Однако через несколько дней пришел в себя и написал свою фамилию врачам. Его считали погибшим, но офицер не просто выжил, а вернулся после ранения в строй в свое родное подразделение.
Указом Президента Российской Федерации от 11 октября 2004 года за мужество, отвагу и героизм, проявленные при исполнении воинского долга, полковнику Бочарову Вячеславу Алексеевичу присвоено звание Героя Российской Федерации.